全基因组测序
全基因组测序WGS（Whole Genome Sequencing）是使用高通量测序平台对一种生物样本的基因组中的全部基因和非基因序列进行测序，测定其DNA 的碱基序列。
宏基因组测序（第二代高通量测序 微生物基因功能分析）
宏基因组测序对特定生境样品中微生物群体基因组进行序列测定，进而分析微生物群体基因组成及功能，解读微生物群体多样性与丰度，探求微生物与环境，微生物与宿主之间的关系，发掘和研究新的、具有特定功能的基因。
真菌基因组测序（比较基因组 基因功能 基因注释）
真菌属于较低等的真核生物，基因组较小；真菌基因组的测序将为真菌特性的分析提供有用的依据；随着新一代高通量技术的成熟，真菌基因组测序成本已大大降低。
宏基因组de novo测序
宏基因组学也称为元基因组学，是以样品中的微生物群落作为整体进行研究的学科，以功能基因筛选和测序分析为研究手段，能够解释微生物群落多样性、种群结构、进化关系、功能活性、相互协作关系及环境之间的关系。